如何進行DNA合成儀合成產物的純化？目前公認和大多采用的DNA粗產物后處理方式有4種：C18柱脫鹽，OPC柱純化，HPLC純化和PAGE純化。下面PAGE純化的方法。 PAGE純化是幾乎所有專業書籍上介紹的*佳純化方法。它是依據DNA片段在變性聚丙烯酰胺凝膠中電泳時的遷移率不同來分離大小片段的。由于各分子所帶電荷和大小不同，綜合影響其在凝膠中的遷移速度，大片段遷移得慢，經過一定時間的電泳，大小片段會分開，然后停止電泳，剝離凝膠，置于熒光TLC板上在紫外燈下切割目的條帶，浸泡碎膠，并從泡膠的鹽溶液中回收目的DNA。
優點是純化效果很好、尤其是純化長鏈效果更好、而且是可以直觀看見DNA片段合成情況的質控環節。通常認為的缺點是實驗室水平的PAGE純化實驗步驟多費人工、電泳及后處理過程樣品損失量大、電泳裝置局限或電泳時間如果不夠會影響純化效果。但這些缺點完全可以克服。我們通過擴大規模流水作業使實驗過程便于掌握和節省人力；在粗樣品中加入尿素飽和液增加樣品比重減少電泳上樣的損失；改用C18柱回收產物，使得回收效率大大提高；通過特制電泳裝置，增加凝膠厚度和長度來增加負載量和分離效果等等。